Il Chiostro delle Arche (maggiore) è disposto a sud del complesso conventuale, tra la chiesa, gli ex alloggiamenti dei frati e la sala capitolare. Viene così chiamato perché formato da arcate sepolcrali destinate ad accogliere le spoglie degli esponenti più in vista delle famiglie nobili bergamasche. Ampio e di forma rettangolare, è il primo dei chiostri ad essere costruito. Le parti che ancora oggi presentano maggior attrattiva sono: l’allineamento delle arcate che corre lungo i tre lati, i capitelli delle colonne abbelliti da motivi ornamentali e figure di gusto tardo gotico, gli affreschi cinquecenteschi che decorano le lunette con i miracoli di S. Antonio da Padova, al di sotto dei quali sono state rinvenute tracce di decorazioni del Trecento.
Dal chiostro delle Arche, attraverso un corridoio a scalini, si giunge nel secondo chiostro, situato tre metri più in basso e con un lato aperto verso le valli. Realizzato nel XVI sec. il chiostro del pozzo, così denominato per la presenza di una vera da pozzo con ghiera realizzato nel febbraio 1634, è di forma rettangolare, porticato lungo i quattro lati, ma di dimensioni minori (m. 15 X 18) e più semplice nelle forme rispetto al primo. Il chiostro è affrescato con i miracoli di San Francesco.
Esisteva poi un terzo chiostro, detto il chiostrello, affacciato a nord-est, andato perduto nei restauri del 1938.