1290 - Inizio della fabbrica, costruita sopra un’area di 1000 mq. e donata dalla nobile famiglia Bonghi di Bergamo ai Frati Minori Francescani. Nel 1292 Il vescovo Roberto Bonghi consacra la chiesa.
1361 - Viene consacrato l’altare maggiore; la fabbrica è pressoché conclusa.
1455/1500 - Viene costruito il portico nel primo chiostro. Poco più tardi sono realizzati i due chiostri posti a nord.
1797 – Con la costituzione della Repubblica Bergamasca, il 22 maggio il convento è soppresso e l’edificio ceduto all’Albergo laicale dei poveri, detto il Conventino.
luglio 1797 - I francesi adibiscono il complesso di San Francesco a casa d’arresto per i detenuti “politici”.
1805 - La chiesa viene soppressa, lasciata adorna e nel 1821 viene demolita.
1814/1859 – Durante la dominazione austriaca il complesso continua ad essere carcere.
1864 – Il convento è trasformato in casa di pena.
1870 - San Francesco viene collegato con il carcere militare della Rocca attraverso un “viale scoperto”.
1930 - L’ingegner Cesare Selvelli redige, per conto del Comune di Bergamo, il progetto per la trasformazione del complesso in scuola elementare.
1938 – Si avviano i lavori di restauro del Convento, che successivamente diviene scuola elementare
1943-1945 – Dal dicembre 1943 all'aprile 1945 ha sede qui il 612° Comando provinciale della Guardia nazionale repubblicana. Nel chiostro maggiore si svolge tra l'altro il giuramento delle nuove componenti del Servizio ausiliario femminile cittadino.
1997 – Dopo un nuovo restauro, il complesso diviene una delle sedi del Museo storico di Bergamo ed ospita sino al 2003 la sezione ottocentesca.

La soppressione napoleonica
Come ricorda nel suo diario Michele Bigoni, campanaro della città alla fine del Settecento, con la rivoluzione Bergamasca del marzo 1797 prima e l’arrivo di Napoleone poi, anche a Bergamo, “… fu soppresso molte chiese e reguesito messo argento delle chiese, …, fu sospeso tutte le monache e i frati”. La confisca degli argenti e la soppressione di chiese e corpi ecclesiastici sono gli interventi che il nuovo governo esercita nei confronti del clero, anche verso i frati di San Francesco. Il 22 maggio dello stesso anno il convento viene soppresso e, come già per altri edifici religiosi, ridestinato a esigenze di pubblica carità; in particolare, viene ceduto all’Albergo laicale dei poveri, il Conventino, e diventa così ospedale. Quando nel luglio 1797 Bergamo entra nella Repubblica Cisalpina, sotto il governo francese di Napoleone, il convento di san Francesco diviene casa d’arresto per i detenuti politici e militari. Nel 1805 anche la chiesa viene soppressa e abbandonata.

Il restauro del 1938
La parte alta, già alla fine dell’Ottocento, è uno dei quartieri più popolari e malsani di Bergamo. Nel 1933 il podestà Ernesto Suardo procede a redigere un piano di esproprio per tutte le abitazioni di Città alta ritenute insalubri, mentre l'anno seguente, podestà Antonio Locatelli, ottenuti i finanziamenti da parte dello Stato, il Comune di Bergamo incarica Luigi Angelini di redigere un progetto di risanamento.
Il progetto divide fortemente la città. Da una parte vi è chi, come l’ingegner Chitò e l’architetto Bergonzo, vorrebbe procedere per sventramenti; dall’altra vi è l’ingegner Luigi Angelini, che invece intende abbattere solamente gli edifici pericolanti, restaurando le aree storiche rilevanti e attribuendo loro nuove funzioni pubbliche.
Un'eccezionale campagna fotografica documenta la situazione prima e durante i lavori per molti edifici ed aree di Città alta, tra cui il Convento di San Francesco, dove l'intervento viene guidato dall'ingegner Selvelli e ha come obiettivo la realizzazione di un edificio scolastico.
ll piano di risanamento del progetto Angelini, avviato nel 1937, viene ripreso nel 1946 e, secondo criteri di massima, portato a termine nei primi anni Sessanta.