Aperta da una fedele ricostruzione dell'albero della libertà, innalzato in Piazza Vecchia nel marzo 1797, la sezione presenta la situazione politica, culturale, sociale ed economica del territorio dalla discesa dei francesi in Italia, accompagnata dal sorgere della Repubblica bergamasca, sino al crollo del regime napoleonico in Europa. Opuscoli e stampe allegoriche di propaganda, ritratti e vedute, sculture e documenti sulla soppressione di alcuni conventi narrano gli eventi salienti nel periodo della Repubblica bergamasca e della prima Repubblica Cisalpina, mentre alcune mappe tematiche illustrano la situazione produttiva del territorio e la nascita della Camera di commercio.

	Vincenzo Bonomini, Bandiera della città di Bergamo in onore di Napoleone I.